«Ὅπως ἔχομεν διαπιστώσει ἐκ τῶν τριμελῶν Ἐπιτροπῶν καὶ τῶν διαφόρων εἰσηγήσεων κατὰ τὰς Συνεδριάσεις τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τῶν προηγουμένων τριῶν Συνοδικῶν Περιόδων, ὁ Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Ναυπάκτου καὶ Ἁγίου Βλασίου κ. Ἰερόθεος δὲν ἐζήτησεν ὑπερβολικὸν τί ἀπὸ ὑμᾶς, οὔτε ἔπραξεν τί καθ ὑπέρβασιν τῶν Ἱερῶν Κανόνων καὶ τῶν καθηκόντων αὐτοῦ ὡς Ποιμενάρχου τῆς Ἱερᾶς Μητροπόλεως Ναυπάκτου καὶ Ἁγίου Βλασίου...» (4388/19-12-2001 Ἱερᾶς Συνόδου).

«Ἐκφράζομεν ὅμως οὐ μόνον τὴν ἀπορίαν ἀλλὰ καὶ τὴν βαθυτάτην θλῖψιν ἡμῶν ὅταν εἷς Ἡγούμενος καὶ ἐπὶ τριακονταπενταετίαν Ἱεροκῆρυξ ἐκφράζει μίαν τόσον ἀκραίαν καὶ ἀντορθόδοξον ἄποψιν, γέμουσαν ἐκκοσμικεύσεως καὶ πολιτειοκρατικὴς ἀντιλήψεως: Ὀρθόδοξος Ἡγούμενος αἰτούμενος παρ' ἑνὸς κοσμικοῦ Δικαστηρίου τὴν λῆψιν ἀποφάσεως πρὸς ἐπιβολὴν τελέσεως τοῦ Μυστηρίου τῆς Ἱερωσύνης! Θλιβερὸν τὸ ὀλίσθημα!...

Ἡ ἐνορχηστρωμένη ἐπίθεσις, διὰ προφορικῶν καὶ γραπτῶν λόγων, ἐναντίον τῆς Ἐκκλησίας καὶ τοῦ Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου ὑμῶν, προερχομένη τόσον ἀπὸ ὑμᾶς (τὸν πρ. Ἡγούμενο Σπυρίδωνα Λογοθέτη) ὅσον καὶ ἀπὸ τοὺς Συλλόγους τους λειτουργοῦντας πέριξ τῆς Ἱερᾶς Μονῆς διὰ τῶν περιοδικῶν αὐτῶν, ἐπ' εὐκαιρίᾳ τῆς ἐκδόσεως βουλεύματος, συνιστᾶ ἀπρεπῆ, ἀνοίκειον καὶ ἀντιεκκλησιαστικὴν ἐνέργειαν. ... Ἐπιβάλλεται ἡ δραστικωτέρα ἀντιμετώπισις τοῦ προβλήματος, ἵνα μὴ ἡ χαίνουσα πληγὴ ἐπεκταθῇ ἐπικινδύνως καὶ μολύνη ἀνεπανορθώτως ἅπαν τὸ σῶμα τῆς τοπικῆς Ἐκκλησίας. ... Ἑπομένως τὸ πρόβλημα ὑμῶν (τοῦ πρ. Ἡγουμένου Σπυρίδωνος Λογοθέτη) δὲν ὑφίσταται μόνον μετὰ τοῦ οἰκείου ὑμῶν Ποιμενάρχου ἀλλὰ μετὰ τῆς Ἱερᾶς Συνόδου καὶ γενικώτερον μετά της καθ' ὅλου Ἐκκλησίας» (1634/9-5-2003 Ἱερᾶς Συνόδου).

«Ἡ ἐπιβολὴ τῆς κανονικῆς τάξεως εἰς μίαν Ἐπαρχίαν ἐντὸς τῶν πλαισίων τῶν Ἱερῶν Κανόνων καὶ τῆς Ἐκκλησιαστικῆς Νομοθεσίας, εἶναι ἀποκλειστικὴ ἁρμοδιότης, οὐ μὴν ἀλλὰ καὶ ὑποχρέωσις, τοῦ Μητροπολίτου τῆς Ἐπαρχίας ταύτης καὶ ἐπ' οὐδενὶ λόγῳ μία τοιαύτη ἐνέργεια συνιστᾶ κατάχρησιν ἐξουσίας, ὡς κακῶς ὑποστηρίζετε. Ἐὰν ὁ Μητροπολίτης μιᾶς Ἐπαρχίας, ὡς συμβαίνει εἰς τὴν περίπτωσιν ὑμῶν, διαπιστώνη ἀνταρσίαν Κληρικῶν ἢ Μοναχῶν κατὰ τῆς Κανονικῆς τάξεως καὶ τοῦ Ἐκκλησιαστικοῦ πολιτεύματος, εἶναι ὑποχρεωμένος νὰ ἐπεμβαίνη πρὸς διαφύλαξιν τῆς ἑνότητος τῆς τοπικῆς Ἐκκλησίας, ἄλλως καθίσταται ὑπόλογος ἐνώπιον τοῦ Θεοῦ...» (2599/1-9-2004 Ἱερᾶς Συνόδου).

Ὁ Ἱερομόναχος Σπυρίδων Λογοθέτης, πρώην Ἡγούμενος τῆς Μονῆς, «διαπνέεται ὑπὸ πλήρους κοσμικοῦ καὶ ὀρθολογικοῦ πνεύματος, στερεῖται δὲ συνέσεως, ἐκκλησιαστικοῦ φρονήματος καὶ ὑπακοῆς εἰς τὴν ἐκκλησιαστικὴν τάξιν καὶ δεοντολογίαν, ἥτις ἁρμόζει εἰς κληρικόν...» Ἡ Ἱερὰ Σύνοδος «ἤχθη εἰς τὴν Ἀπόφασιν ὅπως διαγράψη τὸν Ἱερομόναχον Σπυρίδωνα Λογοθέτην ... ἐκ τοῦ Καταλόγου τῶν πρὸς Ἀρχιερατείαν Ἐκλογίμων τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος, ἐπὶ τῷ λόγῳ ὅτι οὗτος ἀπώλεσε κατὰ τὰ ἀνωτέρω τὸ οὐσιαστικὸν προσὸν "νὰ διακρίνηται ἐπὶ συνέσει"» (4257/17-12-2004 Ἱερᾶς Συνόδου).

«Ἡ Διαρκὴς Ἱερὰ Σύνοδος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος ... ἤχθη ὁμοφώνως εἰς τὴν Ἀπόφασιν ὅπως ἐπιβάλη ὑμῖν (στοὺς ἐπί κεφαλῆς τῆς Ἱερᾶς Μονῆς) τὸ ἐπιτίμιον τῆς ἀποκοπῆς ἐκ τῆς ἐκκλησιαστικῆς Κοινωνίας, ἤτοι τὸ ἐπιτίμιον τῆς ἀκοινωνησίας, ἐπὶ καταφρονήσει της ὑπ' ἀριθμ. 9/2006 τελεσιδίκου καὶ ἀμετακλήτου Ἀποφάσεως τοῦ Δευτεροβαθμίου Συνοδικοῦ Δικαστηρίου καὶ τοῦ οἰκείου ὑμῶν Ἐπισκόπου, Μητροπολίτου Ναυπάκτου καὶ Ἁγίου Βλασίου κ. Ἱεροθέου, ἀνυπακοὴ καὶ ἀπειθαρχία εἰς τὴν κανονικὴν καὶ ἐκκλησιαστικὴν τάξιν καὶ δεοντολογίαν» (3519/6-9-2007 Ἱερᾶς Συνόδου)

«Ὑμεῖς (ἡ Ἱερὰ Μονὴ Μεταμορφώσεως) ἀποτελεῖτε μοναδικὴν ἐξαίρεσιν ἀπειθαρχίας, ἀνυπακοῆς καὶ ἐλλείψεως σεβασμοῦ εἰς τὰ κανονικὰ μοναχικὰ θέσμια καὶ τὸν θεσμὸν τῆς Ἐκκλησίας» (3039/27-8-2009 Ἱερᾶς Συνόδου)

«Ἡ Ἱερὰ Σύνοδος ἐπισημαίνει καὶ ὑπογραμμίζει τὴν ἔντονον ἀποδοκιμασίαν Αὐτῆς διά την ἐκδήλως ἀναδιδομένην καταφρόνησιν Αὐτῆς, τόσον ὡς πρὸς τὴν ἀποπνέουσαν ἐμπαιγμὸν καὶ ἀνεπίτρεπτον μεθοδείαν ἐνέργειαν ὅσον καὶ ὡς πρὸς τὸ προσβλητικὸν καὶ ὑβριστικὸν περιεχόμενον τοῦ κειμένου. Ἡ καθ' ὑποτροπὴν ἀνταρσία καὶ ἀνυπακοὴ ἁπάντων τῶν ἀδελφῶν τῆς Ἀδελφότητος ὑμῶν ἔναντι τοῦ Μητροπολίτου Ναυπάκτου καὶ Ἁγίου Βλασίου καὶ τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος ἀφ' ἑνὸς μὲν περιορίζει τὰ μέγιστα τὰ ὅρια ἀνοχῆς ἐκ μέρους τῆς Ἱερᾶς Συνόδου, ἀφ' ἑτέρου δὲ δεικνύει τὴν ἀθεράπευτον διάθεσιν ὑμῶν, τὴν πείσμονα ἄρνησιν ὑπακοῆς εἰς τὰς Ἀποφάσεις τῆς Ἱερᾶς Συνόδου καὶ τὴν ἔλλειψιν στοιχειώδους ἐκκλησιαστικοῦ φρονήματος. Πρόκειται περὶ σπανίας μορφῆς ἐκκλησιαστικῆς ἀσθενείας καὶ κυοφορίας ἐκκλησιαστικοῦ σχίσματος καὶ παρασυναγωγῆς, περὶ τῶν ὁποίων προβλέπονται βαρύταται ποιναὶ ὑπὸ τοῦ Κανονικοῦ Δικαίου τῆς Ἐκκλησίας. Ἐπὶ τέλους δέον ὅπως συνέλθητε καὶ μὴ προκαλῆτε περαιτέρω τὴν ἀνοχὴν τῆς Ἐκκλησίας.

Ὑπὸ τὰς συνθήκας αὐτὰς ἡ Διαρκὴς Ἱερὰ Σύνοδος ἐξωθεῖται ὑπὸ τῆς Ἀδελφότητος ὑμῶν ἵνα μελετήση καὶ λάβη κατὰ τῶν μοναχῶν καὶ τῆς Μονῆς ἐπιβεβλημένα αὐστηρὰ πάσης φύσεως κανονικὰ καὶ νόμιμα μέτρα, λυπεῖται δὲ βαθύτατα διὰ τὸ κατάντημα μοναχῶν, οἱ ὁποῖοι ἐμπαίζουν ἀνερυθριάστως τὴν Ἱερὰν Σύνοδον» (3663/30-10-2009 Ἱερᾶς Συνόδου)

«Ἐπὶ δεκατρία ἔτη ἡ Ἱερὰ Σύνοδος ὑπέμεινε φιλανθρώπως καὶ συνεβούλευε φιλαδέλφως, μὲ Ἀποφάσεις Αὐτῆς, διὰ τὴν διόρθωσιν τῶν κακῶς ἐχόντων ἐν τῇ Ἱερὰ ὑμῶν Μονή. Παρατηροῦσα, ὅμως, ὅτι ἡ πολυχρόνιος αὕτη φιλανθρωπία ἐξελαμβάνετο ὡς ἀδυναμία καὶ οὕτω ὑπονομεύοντο τὰ κανονικὰ θέσμια τῆς Ἐκκλησίας, ἐν τῇ Συνεδρίᾳ Αὐτῆς τῆς 18ης Αὐγούστου ἐ.ἔ. ... ἀπεφάσισεν διὰ τοὺς ἀνωτέρω καθ' ἕκαστον αὐτοτελεῖς λόγους τὴν ἐπιβολὴν τοῦ ἐπιτιμίου τῆς ἀκοινωνησίας (ἀποκοπῆς ἐκ τῆς ἐκκλησιαστικῆς κοινωνίας) ὑπὸ τὸ διαληφθὲν περιεχόμενον ἐν τῇ ἀπὸ 4.9.2007 Ἀποφάσει Αὐτῆς καὶ εἰς τὰ λοιπὰ (πέραν τῶν ἤδη ἐπιτιμηθέντων διά της ἀπὸ 4.9.2007 Ἀποφάσεως τῆς Δ.Ι.Σ. Ἱερομονάχων) μέλη τῆς Ἀδελφότητος τῆς Ἱερᾶς Μονῆς Μεταμορφώσεως τοῦ Σωτῆρος τῆς Ἱερᾶς Μητροπόλεως Ναυπάκτου καὶ Ἁγίου Βλασίου» (4905/22-8- 2011 Ἱερᾶς Συνόδου).